新型コロナウイルス感染症した場合、都道府県知事が行う就業制限により休業する場合は、「使用者の責任に帰すべき事由による休業」に該当しないと考えられます。
そのため、会社は休業手当を支払う必要はありません。
その間の休みを有給休暇を使用している場合は、その分の給与は会社（雇用主）は支払わなければならないため、給与は支払われます。
有給休暇を使い果たしてしまった場合でも、雇用されている被用者であれば傷病手当金の対象になります。
詳細は、こちらの記事をご覧ください。
陽性になって会社を休むことに。会社から休業手当は支払われないと言われてしまった。
